No obstante, el costo de la ampliación de US$8.000 millones fue el doble de lo presupuestado inicialmente, y el retraso de algo más de tres años del plazo revisado de culminación, lo cual ha movido a una investigación por parte de la Contraloría General de la República. El organismo fiscalizador alega que las pérdidas de Reficar entre 2006 y 2014 ascienden a 1,6 billones de pesos, sin contar los costos de oportunidad asociados a la no entrada en operación de la refinería en las fechas originalmente previstas, los cuales superarían los US$ 1.000 millones. Alega también la Contraloría, que el proyecto se apartó de sensiblemente de los parámetros definidos en la política pública. Reficar ha manifestado que analiza los planteamientos de la Contraloría, y como lo ha venido haciendo, entregará toda la información que sea requerida.
Según voceros gubernamentales, la importancia de este proyecto para la industria de la refinación está en la diversificación de los combustibles y su capacidad de conversión, que pasó de 76% a 97%, lo que permitirá cuando la empresa esté al tope de su capacidad producir 75.000 barriles diarios de diésel, 30.000 de nafta, 30.000 de gasolina, 14.000 de jet fuel, 5.000 de propileno, 4.000 de GLP, 270 toneladas de azufre y 75.000 toneladas de coque. Reficar fue diseñada para procesar crudos pesados con una alta conversión, componente importante ante la escasez mundial de crudos livianos.
Inicialmente, la empresa Glencore había asumido la ejecución del proyecto, pero se retiró en febrero de 2009 y vendió el 51% de acciones en la refinería, ante la imposibilidad expresada de conseguir los créditos internacionales que demandaba la obra. Ello generó los primeros retrasos. Posteriormente, Ecopetrol compró esa participación y se encargó directamente de la ejecución.
Se espera que el proceso de investigación culmine con el éxito y transparencia que un caso de tanta importancia amerita.